Abbatija tad-Dejr est un site paléochrétien qui comprend au moins quatre hypogées juxtaposés. Le terme ‘Dejr’, qui peut signifier ‘bergerie’, a également une connotation de couvent ou de monastère, suggérant une riche histoire pour ce lieu. À l’extérieur, un parvis rectangulaire, qui était à l’origine une carrière, a été modelé pour abriter les hypogées. Ce parvis a été agrandi et partiellement couvert d’une colonnade au XIIIe siècle. La plus grande des entrées donne sur le complexe principal, incluant un couloir rectangulaire qui, initialement une salle triclinium, a été réaménagé pour être associé à une chapelle du XIIIe siècle. Des vestiges de fresques et de nombreuses croix témoignent de son utilisation en tant qu’oratoire chrétien.
Le XIIIe siècle a marqué des transformations importantes sur le site, notamment avec l’ajout d’une abside centrale où se trouvait autrefois une fresque de la Crucifixion, avec des figures de la Vierge Marie, de Jean et de l’Archange Gabriel. Cette fresque, ainsi que les armoiries sur le pilier principal, ont été transférées il y a quelques décennies pour conservation et sont exposées au MUZA à La Valette. Malgré ces changements, la principale zone de sépulture de l’hypogée est restée intacte, comprenant des tombes à baldaquin disposées en quadrillage, dont plusieurs présentent des décorations de spirales, de motifs en écailles de poisson et de palmiers.
Les trois autres hypogées, bien que plus petits, ont également conservé des éléments d’architecture funéraire romaine, comme des triclines et divers types de tombes. Ces structures reflètent l’évolution du site au fil du temps, tout en préservant des caractéristiques architecturales notables.